近年来河南省有数以万计的人被艾滋病摧残，但未曾有一名官员为此负责。高耀洁勇于曝光事实，而地方政府则希望掩盖因工作失误、失职以造成的艾滋病蔓延。所以当高耀洁到农村探访艾滋病患者时，常常受到来自地方政府的阻力。他们常以维护地方形象或保护国家机密为借口驱逐高耀洁。向政府报告高耀洁行踪的农民可以接受大约500元人民币的报酬。所以她尽量选择便宜的寄宿，因为那里的人们不会经常向政府报告她的行踪。她撰写的关于“艾滋村”的书籍在河南省也被禁止。她相信自己的电话遭到窃听，甚至怀疑有人可能试图刺杀她。

高耀洁曾多次被河南省政府阻止出国领奖。2001年，她获得“全球卫生理事会”奖励，但河南省政府拒绝发护照，最终高耀洁未能成行。2003年，她获得菲律宾政府奖励，但也因为政府阻挠而未能出国领奖。2007年2月6日，据美国《纽约时报》报道，高耀洁女士在家中受到软禁，不能出境，只允许她的子女前往探望。软禁的目的是为了阻止她赴美国领取“生命之声”组织颁发的奖项。据英国广播公司2007年2月24日报道：

她在接受BBC中文部记者采访时透露，过去一个多月，共有20多名河南省地方官员到她家劝阻她到美国领奖，而且还指责她是在“制造恐慌，说假话，说故事”。他们甚至要她亲自告诉北京领导人说自己“病了”，无法出国领奖。她哽咽地说，50多岁的儿子甚至向她跪地磕头，希望她听取地方官员的话。

2月16日高接获通知能出境赴美领奖，河南省政府主动替其办理出境手续，但被高拒绝。2月26日，高耀洁抵达纽约。据美国广播公司报道，美国民主党参议员希拉里·克林顿以私人身份致函中国国家主席胡锦涛，引起了事态向积极的方向转折。

她的女儿郭炎光，因为高耀洁的“防艾”工作受到地方政府和工作单位的敌视和压制，最终失去工作，不得不于2000年底移民加拿大。母女关系也因此受到严重影响。